其應用主要圍繞其水解蛋白質(zhì)肽鍵的功能展開,生產(chǎn)生活中,有幾個主要的需求使復雜的大分子蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 變成簡單的小分子肽鏈或者氨基酸,從而變得易于吸收或洗去,比如食品、洗滌劑、飼料等領(lǐng)域。

果膠酶是水果加工中重要的酶，應用果膠酶處理破碎果實，可加速果汁過濾，促進澄清等。應用其他的酶與果膠酶共同使用，其效果更加明顯，如秦藍等采用果膠酶和纖維素酶的復合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩(wěn)定性。

中國已批準使用于食品工業(yè)的酶制劑有α－淀粉酶、糖化酶、固定化葡萄糖異構(gòu)酶、木瓜蛋白酶、果膠酶、β－葡聚糖酶、葡萄氧化酶、α－乙酰乳酸脫氨酶 [4] 等，主要應用于果蔬加工、焙烤、乳制品加工等方面。