那時，傅熹年因為老進(jìn)城往家跑，沒少挨團(tuán)干部的批，說他“貪戀資產(chǎn)家庭生活”。解釋只會招來更多的批評，因為古典文化當(dāng)時被視作落后的東西，他索性就不解釋了。反正在學(xué)校里，他對當(dāng)全5分學(xué)生并不感興趣，但是重要的功課，例如課中的建筑設(shè)計、建筑歷史和基礎(chǔ)課中的素描、水彩畫，是5分。
傅熹年作品：麥積山石窟外景水彩寫生圖。
“畫透視圖是一絕”
傅熹年之所以進(jìn)入清華建筑系（當(dāng)時叫營建系）學(xué)習(xí)，是因為高三時讀到梁思成關(guān)于中國古代建筑和明清北京城的文章，萌生了搞建筑史的愿望。在清華時，他欽佩梁思成的鉛筆單線速寫，徒手畫建筑線條，又快又直。他曾借到梁思成旅歐時的速寫冊《拾遺》，內(nèi)有對法國布惹阿城堡大樓梯的速寫等，反復(fù)臨摹。

王其明覺得傅熹年很有鉆勁兒。他是紅綠色弱，考清華建筑系前就有意識地做“預(yù)習(xí)”，畫畫知道自己哪個顏色不準(zhǔn)，就注意調(diào)整。她覺得，傅熹年被劃右派受打擊很大，但對他來說也算一個很特殊的成長環(huán)境，還收獲了知心的愛人。他劃右派后，要跟在文物出版社工作的女友分手，女友卻堅決不改志向，他也毫不動搖，兩個人是等他摘了帽子后才結(jié)婚的。
除了畫圖，傅熹年的文史綜合能力也有了用武之地。在協(xié)助劉敦楨編寫《中國古代建筑史》時，他開始用研究古建筑的手法來考察一些重要古代名畫。

有一次，啟功偶然從一個信封里找到幾張“漏網(wǎng)”的敦煌寫經(jīng)殘片照片，與傅熹年同看，說其中一張好，書法秀美瀟灑，毫無職業(yè)寫經(jīng)人的習(xí)氣。
這是一篇寫經(jīng)的發(fā)愿文。文中稱，自己發(fā)愿要寫三千部《妙法蓮華經(jīng)》，以為亡母“太原王妃”祈福。兩人都覺得“太原王妃”眼熟，但一時想不起是誰。
幾天后再見面，啟功高興地說，終于想起來了！武則天之父武士彟死后追贈太原王，太原王妃即武則天的生母楊氏。但武士彟還有其他子女，不能確定要發(fā)愿寫經(jīng)的就是武則天。當(dāng)時無法查資料，這個疑問只能暫時擱置了。
1968年底“清理隊伍”后，傅熹年獲準(zhǔn)回到人民隊伍中，隨全院職工整體下放河南的“五七干?！薄Ｖ?，建筑研究院被撤銷，人員星散。傅熹年被分配到甘肅天水，在國家建委第七工程局的工程公司為技術(shù)員，再次離開了古建。