利用木瓜蛋白酶的酶促反應，可把食品中大分子的蛋白質水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，***適用于如：雞、豬、牛、海產品、血制品、大豆、花生等動植物蛋白酶解、肉類嫩化劑、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩(wěn)定劑、保健食品、醬油釀造及酒類發(fā)酵劑等，即可提高食品的營養(yǎng)價值，又可降***。

含木瓜蛋白酶的***，如木瓜潤喉片、木瓜腸溶片（膠囊）、木瓜含片，具有***、利膽、止痛、助消化、***等功效，進一步研究表明亦可用于檢查紅細胞表面及血型鑒別劑、***婦科病、青光眼、昆蟲的叮咬等。

用于香皂、肥皂、洗滌劑、洗衣粉、洗手液等，衣物被血漬,牛奶,果汁,醬油油脂等污染后,如用普通洗滌劑,則一般很難消除這些污漬。如若在洗滌劑中加入蛋白酶可使汗?jié)n,血漬容易除去，去污力強，***消毒、安全放心。

木瓜酶作用于人體皮膚老化角質層，促使其分解退化、去除達到***效果及促進細胞生長的效果，且木瓜酶水解物在皮膚表層形成一層氨基酸衍物薄膜，使肌膚保持潤濕與光滑；木瓜酶易于與形成***的黑色素中的銅離子形成絡合物，減少黑色素的形成和去除***的黑色素，且木瓜酶水解的三肽物質可直接抑制形成黑色素的酪氨酸活性、消除自由基作用，從而達到美白去斑的效果

此外還可加入加牙膏、漱口水、牙粉等,可清潔口腔，除去牙垢和牙結石，與其它溶劑配合可制成隱形眼鏡的清潔消毒劑以及感光膠片銀的回收等。

木瓜蛋白酶是蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜中含有低特異性蛋白水解酶,地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸,屬于統(tǒng)基蛋白酶,它具有酶活高、熱穩(wěn)定性好、天ran衛(wèi)生安quan等特點,因此在食品、飼料、日化、皮革及紡織等行業(yè)得到應用。