利用木瓜蛋白酶的酶促反應，可把食品中大分子的蛋白質水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，***適用于如：雞、豬、牛、海產品、血制品、大豆、花生等動植物蛋白酶解、肉類嫩化劑、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩(wěn)定劑、保健食品、醬油釀造及酒類發(fā)酵劑等，即可提高食品的營養(yǎng)價值，又可降***。

含木瓜蛋白酶的***，如木瓜潤喉片、木瓜腸溶片（膠囊）、木瓜含片，具有***、利膽、止痛、助消化、***等功效，進一步研究表明亦可用于檢查紅細胞表面及血型鑒別劑、***婦科病、青光眼、昆蟲的叮咬等。

羊毛的防縮：用木瓜蛋白酶處理過的羊毛，其抗張度比常規(guī)方法高，毛線手感柔軟，舒適、抗收縮、抗張強度等效果收縮性為0；還可用于蠶的脫膠和蠶絲的精煉。

利用木瓜蛋白酶制成皮的脫毛劑，鞣制皮革，經(jīng)本品鞣制的皮革，毛孔細致光亮。分解飼料中蛋白質成氨基酸，增加營養(yǎng)物質的滲出量，利于家禽對蛋的吸收和利用，同時補充動物內源酶不足，提高飼料利用率及降低飼料***，增強食欲，進而促進動物生長，提高日增重及成活力，還可以作為蔬菜水果復合肥料的添加劑。

酶活力定義：紫外光分光度法：在測定條件（37±0.2℃；PH值7.0）每分鐘水解酪蛋白釋出的三氯乙酸可溶物在275nm波長有吸光度與1微克酪氨酸的吸光度相當時，所需的酶量即為一個活力單位，用u/g表示。

反應溫度50—55℃，溫度因底物的種類及濃度不同而有所改變；適宜PH值6—7，PH可因底物的種類、濃度不同而有所改變；添加量一般為0.1—0.3%(1000—3000u/g蛋白質)，根據(jù)不同底物作適當增減，反應時間作相應縮短或延長。