利用木瓜蛋白酶的酶促反應，可把食品中大分子的蛋白質(zhì)水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，***適用于如：雞、豬、牛、海產(chǎn)品、血制品、大豆、花生等動植物蛋白酶解、肉類嫩化劑、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩(wěn)定劑、保健食品、醬油釀造及酒類發(fā)酵劑等，即可提高食品的營養(yǎng)價值，又可降***。

羊毛的防縮：用木瓜蛋白酶處理過的羊毛，其抗張度比常規(guī)方法高，毛線手感柔軟，舒適、抗收縮、抗張強度等效果收縮性為0；還可用于蠶的脫膠和蠶絲的精煉。

此外還可加入加牙膏、漱口水、牙粉等,可清潔口腔，除去牙垢和牙結(jié)石，與其它溶劑配合可制成隱形眼鏡的清潔消毒劑以及感光膠片銀的回收等。